HỒ SƠ HOÀN THUẾ GTGT CÓ THÔNG TIN RỦI RO

Theo hướng dẫn tại công văn số 6936/CT-QLTT, ngày 18/09/2026 của Cục Thuế.

Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), thông tin rủi ro liên quan đến người bán, hóa đơn hoặc các chủ thể trong chuỗi cung ứng ngày càng được sử dụng như một nguồn dữ liệu quan trọng phục vụ công tác quản lý thuế.

Tuy nhiên, cần phân biệt rõ giữa thông tin/cảnh báo rủi ro và kết quả kiểm tra, xác minh xác định có vi phạm hoặc không đủ điều kiện hoàn thuế. Việc một người bán hoặc một chủ thể trong chuỗi cung ứng có thông tin cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với việc giao dịch không phát sinh thực tế, hóa đơn không hợp pháp hoặc số thuế GTGT đầu vào của doanh nghiệp đề nghị hoàn đương nhiên không được hoàn.

Dưới đây là một số nguyên tắc quan trọng trong việc phân loại và xử lý hồ sơ hoàn thuế có thông tin rủi ro.

1. Phân biệt thông tin rủi ro và kết luận vi phạm

Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cần phân biệt ba cấp độ thông tin:

Thông tin, cảnh báo rủi ro: Là dữ liệu phục vụ công tác đánh giá, phân loại rủi ro và lựa chọn nội dung cần rà soát, xác minh.

Kết quả phân loại trên Hệ thống thông tin quản lý thuế: Xác định hồ sơ hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế.

Kết quả kiểm tra, xác minh: Là cơ sở để xác định người nộp thuế có đáp ứng điều kiện hoàn thuế hay không, giao dịch có thực tế hay không, hóa đơn có hợp pháp hay không và có phát sinh hành vi vi phạm hay không.

Do đó, cảnh báo rủi ro không phải là kết luận vi phạm.

Thông tin rủi ro liên quan đến người bán, hóa đơn hoặc các chủ thể trong chuỗi cung ứng chỉ là dữ liệu đầu vào để cơ quan thuế đánh giá và lựa chọn nội dung cần kiểm tra, xác minh.

Chỉ khi có kết quả kiểm tra, xác minh hoặc kết luận của cơ quan có thẩm quyền đủ căn cứ xác định:

• Hóa đơn không hợp pháp;
• Giao dịch không phát sinh trên thực tế;
• Người nộp thuế không đáp ứng điều kiện hoàn thuế; hoặc
• Người nộp thuế có hành vi vi phạm,

thì cơ quan thuế mới thực hiện không hoàn, thu hồi số tiền đã hoàn hoặc xử lý vi phạm theo quy định pháp luật.

2. Xử lý hồ sơ theo kết quả phân loại rủi ro

2.1. Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước

Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thông báo phần số tiền này thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định.

Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự hoàn thuế trước và được hoàn khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định.

Điều này có nghĩa là: Nếu chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro thì không mặc nhiên chuyển toàn bộ hồ sơ hoặc toàn bộ số tiền đề nghị hoàn sang diện kiểm tra trước hoàn thuế.

2.2. Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế

Theo Điều 30 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế trong một số trường hợp nhất định, bao gồm:

1. Hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu đối với từng trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
2. Hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế.
3. Hồ sơ hoàn thuế hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế.
4. Hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp, tổ chức khi giải thể, phá sản.

3. Thông tin rủi ro của người bán và các chủ thể trong chuỗi cung ứng

Trong quản lý rủi ro theo số tiền hoàn thuế, có thể hiểu:

F1: Người bán trực tiếp xuất hóa đơn cho doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế;

F2: Chủ thể cung ứng cho F1;

F3: Chủ thể cung ứng cho F2;

Và các cấp tiếp theo trong chuỗi cung ứng.

Thông tin rủi ro của F2, F3 và các cấp tiếp theo được sử dụng làm dữ liệu đầu vào để Hệ thống thông tin quản lý thuế đánh giá, tổng hợp và quy đổi mức độ rủi ro về F1 theo tiêu chí, phương pháp quản lý rủi ro.

Lưu ý quan trọng

Trường hợp F2, F3 hoặc chủ thể ở cấp tiếp theo có cảnh báo rủi ro, không được chỉ dựa vào cảnh báo này để kết luận ngay rằng số thuế GTGT đầu vào tương ứng của doanh nghiệp đề nghị hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế.

Tương tự, nếu F1 chưa phát sinh cảnh báo rủi ro nhưng F2, F3 hoặc các cấp tiếp theo có cảnh báo, cơ quan thuế không nên chỉ căn cứ vào thông tin này để tự động:

• Chuyển số thuế GTGT đầu vào tương ứng sang diện kiểm tra trước hoàn;
• Kết luận giao dịch không phát sinh;
• Kết luận hóa đơn không hợp pháp; hoặc
• Kết luận doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế.

Thông tin rủi ro tại F2, F3 và các cấp tiếp theo được sử dụng để đánh giá, quy đổi rủi ro về F1 và lựa chọn nội dung cần rà soát, xác minh theo quy định.

Người bán có vấn đề về trạng thái hoạt động

Các thông tin như người bán:

• Có rủi ro về hóa đơn;
• Ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế;
• Không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký;
• Đang giải thể;
• Đã chấm dứt hoạt động;

là những thông tin có thể được sử dụng trong quản lý rủi ro.

Tuy nhiên, các thông tin này không tự động là căn cứ để kết luận giao dịch không phát sinh trên thực tế, hóa đơn không hợp pháp hoặc hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

Cơ quan thuế cần thực hiện rà soát, kiểm tra, xác minh các nội dung có liên quan trước khi đưa ra kết luận.

4. Một số lưu ý đối với doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế GTGT

Từ các nguyên tắc trên, doanh nghiệp khi thực hiện hoàn thuế GTGT nên đặc biệt lưu ý việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế và tính hợp pháp của hóa đơn, chứng từ.

Doanh nghiệp nên lưu trữ đầy đủ các tài liệu liên quan đến:

• Hợp đồng kinh tế;
• Đơn đặt hàng, báo giá và thỏa thuận giao dịch;
• Hóa đơn GTGT;
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng;
• Phiếu nhập kho, xuất kho;
• Biên bản giao nhận hàng hóa;
• Hồ sơ vận chuyển;
• Hồ sơ xuất nhập khẩu, nếu có;
• Chứng từ chứng minh nguồn gốc hàng hóa;
• Hồ sơ nghiệm thu đối với dịch vụ;
• Các tài liệu khác chứng minh giao dịch thực tế.

Đặc biệt đối với doanh nghiệp có hoạt động mua bán qua nhiều cấp trung gian, việc kiểm soát thông tin của nhà cung cấp và lưu giữ hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình hoặc xác minh.

5. Thông điệp quan trọng đối với doanh nghiệp

Có thể khái quát nguyên tắc xử lý hồ sơ hoàn thuế có rủi ro như sau:

Cảnh báo rủi ro ≠ Kết luận vi phạm

Rủi ro của F2/F3 ≠ Tự động xác định hóa đơn F1 không hợp pháp

Người bán chưa kê khai, nộp thuế GTGT ≠ Tự động mất quyền hoàn thuế của bên mua đối với kỳ hoàn áp dụng quy định từ 01/01/2026

Một phần tiền có rủi ro ≠ Tự động chuyển toàn bộ số tiền đề nghị hoàn sang kiểm tra trước hoàn

Việc xác định số tiền được hoàn, không được hoàn hoặc cần kiểm tra, xác minh phải dựa trên kết quả phân loại rủi ro và kết quả kiểm tra, xác minh theo quy định pháp luật.

Đồng thời, doanh nghiệp cần chủ động xây dựng hệ thống kiểm soát hóa đơn, chứng từ và hồ sơ giao dịch, đặc biệt đối với các giao dịch có giá trị lớn hoặc có chuỗi cung ứng nhiều cấp.